Autoimmuunisairauksille yhteistä on elimistön oman puolustusjärjestelmän hyökkäys sen omia kudoksia vastaan. Tällaisia sairauksia on esimerkiksi ihmisillä nivelreuma, jossa niveliin kehittyy ns. autoimmuunitulehdus, joka ennen pitkää vaurioittaa niveliä. Myös koirilla on tavattu erilaisia autoimmuunisairauksia. Autoimmuunisairauksien syynä on elimistön kykenemättömyys normaaliin immuunipuolustuksen säätelyyn. Jotta elimistö kykenisi normaalisti tunnistamaan ja reagoimaan suureen määrään erilaisia elimistön vihollisia, on immuniteetista vastaavien geenien muuntelu valtava. Jos elimistö ei tunnista epänormaaleja soluja kuten infektoituneita, vieraita tai syöpäsoluja, ne saavat rauhassa kasvaa tuloksena syöpä tai vakavia tulehduksia. Toisaalta, jos elimistö ei tunnista sen omia soluja, vaan kohtelee niitä kuin vieraita, se alkaa tuhota niitä. Tästä on seurauksena autoimmuunisairaus.
Altistuminen myrkyille ja lääkeaineille, rokotteille, ym. ympäristövaikutuksille saattaa vaikuttaa immuunisäätelyyn. Kuitenkin geeniperimän rooli on ilmeinen, sillä tietyillä koiraroduilla esiintyy tiettyjä sairauksia keskimääräistä enemmän, eli ne ovat rodulle tyypillisiä. Puhdasrotujalostus vähentää geenimuuntelua, mikä jo sinällään vähentää immuunijärjestelmän tehokkuutta, mutta koirakantaan saattaa myös valikoitua tiettyjä sairauksia aiheuttavia geenejä jalostuksen "sivutuotteena". Tiukka sisä- ja linjasiitos ovat tehokkaimmat tavat kaventaa geenimuuntelua. Varomaton kasvattaja voi saada jalostettua koiriinsa paitsi toivomiaan piirteitä, myös koko joukon epätoivottuja ominaisuuksia. Samoin, jos koirapopulaatio on syystä tai toisesta jossain vaiheessa kaventunut kovin pieneksi ja jalostusta on viety eteenpäin pienestä kantajoukosta, muodostuu ns. geneettinen pullonkaula, joka karsii populaatiosta pois arvokasta geneettistä muuntelua.
Akita ja Amerikanakita, jotka pitkään olivat yksi ja sama rotu, ovat kohdanneet tällaisia pullonkauloja useita. Rodut ovat olleet monesti vaarassa kadota kokonaan ja toisen maailmansodan jälkeen jalostusta lähdettiin viemään eteenpäin vain pienellä, sodasta selvinneellä koirajoukolla. Geneettiset tutkimukset ovatkin osoittaneet, että geenimuuntelu etenkin immuniteetista vastaavalla genomin alueella (MHC) on roduissa vähentynyt. Roduissa tunnetaan myös muutamia autoimmuunisairauksia, jotka ovat todennäköisesti joko yhden tai muutaman virheellisen geenin aiheuttamia. Periytyvyydeltään parhaiten tunnetaan Sebaceous adenitis (SA), ihon talirauhasten autoimmuunitulehdus. Vogt-Koyanagi-Harada -kaltainen syndrooma (VKH) tai Uveodermatologinen syndrooma (UDS) tunnetaan myös molemmissa roduissa ja siitä on olemassa lukuisia eri ilmenemismuotoja. Näiden sairauksien periytymistapaa ei varmuudella tiedetä, mutta niiden leviämistä pyritään ehkäisemään olettamalla, että sairastuneen koiran molemmat vanhemmat sekä kaikki pennut ovat sairauden kantajia. Väistyvästi periytyviä sairauksia on vaikea kitkeä koirakannasta, sillä terveet koirat voivat periyttää viallista geeniä tai geenejä seuraavalle sukupolvelle, ilman että kasvattajalla on siitä aavistustakaan. Monet kasvattajat - etenkin maissa joissa koirakauppa on suurta bisnestä - eivät kuitenkaan piittaa siitä, mitä mahdollisesti haitallisia geenejä heidän koiransa periyttävät, pääasia heille on, että pennut menevät kaupaksi. Mahdollisista ongelmista vaietaan visusti ja vaikka ongelmat tulisivatkin päivänvaloon, ei niistä oteta vastuuta. Kuitenkin, koska kyse on väistyvästi periytyvistä sairauksista, voi huolellisinkin kasvattaja törmätä ikäviin yllätyksiin. Vastuuntuntoinen kasvattaja ei kuitenkaan piilottele totuutta, eikä missään nimessä käytä enää jalostukseen sellaisia koiria, jotka ovat tuottaneet sairaita jälkeläisiä. Vain kitkemällä pois jalostuksesta koirat jotka periyttävät sairautta, voidaan lopulta saada kitketyksi koko sairaus pois rodusta.
Jos koiralla todetaan perinnöllinen ihosairaus, omistajan tulisi ilmoittaa asiasta rotuyhdistykselle. Akita ry. kerää Akitalle ja Amerikanakitalle avointa terveysrekisteriä, johon koiran omistaja voi ilmoittaa sairaaksi todetun koiransa. Näin saamme kerättyä arvokasta tietoa jalostuksen avuksi ja tulevaisuudessa yhä harvempi koira joutuu kärsimään näistä autoimmuunisista sairauksista.