Akita ry jalostustoimikunta on tehnyt päätöksen seurata ja tukea auttamalla koirien näytteiden keräämisessä UC Davisin yliopiston ja VGL:n geenikartoitusta. Tutkimus tehdään Kaliforniassa Yhdysvalloissa. Tutkimuksen tarkoituksena on kartoittaa akitan geneettistä monimuotoisuutta sekä auttaa kasvattajia valitsemaan jalostukseen geneettisesti mahdollisimman monimuotoisia yhdistelmiä. Tutkimuksen  avulla pyritään kehittämään geenitestausmenetelmiä, joilla voitaisiin seuloa autoimmuunisairauksille altistavia geenejä populaatiosta. Tältä sivulta löydät lisää tietoa tutkimuksesta sekä linkkejä tutkimusryhmän englanninkielisille nettisivuille.

UC Davisin/VGL:n geenikartoitus on hyvässä vauhdissa Kaliforniassa. Tällä hetkellä on kartoitettu 488 koiraa.

Ohesta löytyy populaatiogenetiikan pieni sanasto helpottamaan tulosten ymmärtämistä. Tutkimuksessa on nyt selvinnyt, että 33 markkerin paneelilla tutkittaessa akitalla on rotuna keskimäärin 5,94 alleelia/lokus. Näistä tehollisia on kuitenkin vain 2,41/lokus. Teholliset alleelit ovat alleeleja, jotka vaikuttavat eniten koiran heterotsygotiaan, ja jos alleeli ei ole tehollinen (eli efektiivinen), se on harvinainen ja vaarassa kadota populaatiosta. Jos tuloksia verrataan amerikanakitaan (6,33 ja 3,018), on akita menettänyt enemmän alleeleja ajan kuluessa ja rotu on geneettisesti suppeampi kuin amerikan serkkunsa. Efektiivisten alleelien lukumäärä 2,41 per lokus tarkoittaa, että keskimäärin 59,4% akitan perimästä on sen verran harvinaista, että se on vaarassa kadota rodusta. (UC Davis 30.11.2016.)

Tämän vuoksi suositellaan koirien mahdollisimman tasaista jalostuskäyttöä ja jalostukseen käytettävien koirien geeniperimän tutkimista rodun geneettisen tasapainon säilyttämiseksi. Harvinaisemmat alleelit voivat kadota populaatiosta hyvin nopeasti, etenkin koirien epätasaisen jalostuskäytön vuoksi, ja varsinkin silloin, mikäli runsaasti jalostukseen käytetyt yksilöt kantavat rodun yleisimpiä alleeleja. Jalostuskäytössä on kuitenkin aina muistettava myös koiran muut ominaisuudet. Geeniperimä tai yksikään harvinainen alleeli ei saa mennä terveyden tai luonteen edelle, vaikka tämä onkin hyvä apu jalostuksen suunnitteluun.

Ideaalitilanteessa rodun alleelit olisivat jakaantuneet mahdollisimman tasaisesti. Valitettavasti tällä hetkellä näyttää siltä, että rodun geneettinen monimuotoisuus on paitsi kapea, mutta lisäksi harvinaisemmat alleelit esiintyvät hyvin pienellä osalla rodun koiria. Esimerkiksi kahdeksannessa lokuksesta on löydetty vain viisi eri alleelia ja niistä yksi yleisin esiintyy 98%:lla tutkituista koirista. Lokuksen muut alleelit näyttävät siis olevan miltei kadonneet populaatiosta.

Jos jonkin alleelin kohdalla on viiva, ei sitä ole löydetty akitoilta ollenkaan, mutta sitä esiintyy joko amerikanakitalla tai näiden rotujen yhdistelmillä. Yhdistyksen sivuilta löytyy päivitetyt tulokset kokonaisuudessaan. Omia tutkittuja koiria voi verrata oheiseen taulukkoon, eli miten ne sijoittuvat suhteessa muihin tutkittuihin koiriin - ja kuinka harvinaisia alleeleja koiriltamme löytyy.

DLA-haplotyypit

Monimuotoisuus näillä kromosomin alueilla on tärkeää immuniteetin, eli kehon vastustuskyvyn oikean toimimisen kannalta. Jokaisella koiralla on kaksi DLA 1 ja DLA 2 haplotyyppiä, yksi perittynä kummaltakin vanhemmalta. DLA 1 haplotyyppi (eli määritelty geenialue) koostuu neljästä ja DLA 2 kolmesta eri alleelista. Haplotyyppien sisältämät alleelit on nyt myös eritelty taulukossa.

Japanilaisilta akitoilta on löydetty yhteensä vain 11kpl DLA 1 haplotyyppiä ja 10kpl DLA 2 haplotyyppiä. Valitettavasti myös haplotyypit esiintyvät tutkituissa koirissa epätasaisesti. Haplotyypit, joita esiintyy vain vähän, ovat vaarassa hävitä. Mikäli tiettyä haplotyyppiä esiintyy runsaasti, on todennäköistä, että sen suhteen on myös homotsygootteja yksilöitä enemmän. Nykyisen tiedon mukaan koiria tulisi käyttää jalostukseen mahdollisimman monipuolisesti ja tasaisesti, jotta alleelien häviäminen olisi hitaampaa.

Akitoilla DLA 1 alueella pelkästään kaksi yleisintä haplotyyppiä (1029 ja 1092) esiintyvät yli puolella (55,4%) tutkitusta koirista. Myös DLA 2 alueella haplotyypit 2035 ja 2037 esiintyvät 55% tutkituista koirista. Yhdistys toivoo että rodun omistajat ja kasvattajat jatkavat koirien testaamista! Kasvattajia kannustetaan myös ottamaan geenitestaus yhdeksi kasvatuksen työkaluista.

MCH                  (Major Histocompatibility Complex) -geenialue, joka sijaitsee DLA:ssa

DLA                    (Dog leukocyte antigen) kromosomin geenialue, joka vastaa suurelta osin:

• elimistön kyvystä puolustautua ulkoisia uhkia (bakteerit, virukset, parasiitit ym. vastaan sekä
• omien kudosten tunnistamisesta, jotta niitä ei hyljitä (tämä reaktio tapahtuu autoimmuunitaudeissa

Lokus                Geenin paikka kromosomissa

Alleeli               Tietyn geenilokuksen erilaisia geenivaihtoehtoja, joita voi populaatiossa olla useita, mutta kullakin yksilöllä vain kaksi (yksi perittynä kummaltakin vanhemmalta), joko samanlaiset (homotsygotia) tai erilaiset (heterotsygotia)

Haplotyyppi       Jono järjestettyjä alleelipareja. Mikä tahansa alue viitaten kromosomiin tai DNA:han. Periytyy kokonaisena palasena, ilman rekombinaatiota. Tietty pätkä DNA:ta sisältää tietyt alleelit ja muodostaa haplotyypin.

Monimuotoisuustesti akitalle - linkki

Alleelien yleisyys taulukko - linkki